Hypertextový atlas patologie

Zdrojové texty atlasu

Zdrojové texty atlasu jsou ve formátu XML. Byla vytvořena struktura atlasu tak, aby bylo možné snadno vytvářet text atlasu o jednotné struktuře, a to i při zapojení více spoluautorů. Jednotlivé kapitoly (tag SECTION) jsou automaticky číslovány a mohou být vnořeny až do sedmi úrovní (větší vnoření není možné vzhledem k nutnosti odlišit velikosti písma jednotlivých úrovní). Kapitola má povinný nadpis a (nepovinný) údaj o autorovi kapitoly. Další text kapitol se skládá z jednotlivých oddílů: úvod (INTRODUCTION), klasifikace (CLASSIFICATION), klinické údaje (CLINIC), údaje o etiologii (ETIOLOGY) a patogeneze (PATHOGENESIS) ev etiopatogeneze, dále je k dispozici makroskopický popis (MACROPATHOLOGY) a histologický popis (HISTOLOGY). Jednotlivé části kapitol nejsou povinné. Kromě toho je možné použít volný text (TEXT) tam, kde se žádná z výše uvedených možností nehodí. Pro kasuistiky existuje podobně strukturované prostředí CASE (s okolím pro anamnestické a laboratořní údaje atd.).

Každý oddíl se skládá z textu buď v odstavcích nebo ve výčtech (číslované i nečíslované výčty). Kromě toho text může obsahovat další formátovací údaje (zvýrazněný text, speciální značky atd.). Dále je připraveno okolí pro drobné poznámky, obrázky a schemata v textu (POBR pro obrázek vpravo, PTXT pro poznámky atd.). Velikost a další vlastnosti lze ovlivnit vhodnými atributy.

Obrázky jsou otevírány v samostatných oknech. Ve zdrojovém textu se objevuje pouze reference na daný obrázek s možností popisu. Tyto reference jsou uzavřeny v okolí PICLIST. Toto okolí může být mezi libovolnými základními částmi textu, zejména však následují klinické údaje (rtg snímky), makroskopické popisy a popisy histologické.

Některé kapitoly atlasu jsou k dispozici i ve formě pdf souborů, sázených různým způsobem (kompaktně, jednosloupcově, pro jednostranný i oboustranný tisk).

Popisy obrázků

Obrazy jsou popisovány v samostatném souboru. Popis každého obrázku obsahuje název souboru, číselný identifikátor, atomický kód diagnózy, typ obrazu (např. histologie, makroskopický snímek z pitevny, snímky pacientů, rtg snímky aj.), údaje o použitém zvětšení, barvení, možnosti zoomování a fokusování obrazu, zda je obraz k dispozici i ve velkém rozlišení a další údaje. Dále popis obrázků a seznam důležitých znaků obrazu s relativními souřadnicemi, typem a barvou šipek atd. Pro sekvence (fokusovací obrazy, sériové rtg snímky) je dále uveden kód pro počáteční a konečný obraz a pro obraz, který se má objevit jako první.

Součástí každého obrazu je i údaj o tom, kdo daným obrazem přispěl. V seznamu spoluautorů je uveden počet příspěvků. Přes počet příspěvků se lze dostat k seznamům obrazů dle příslušného přispěvatele (a i odsud lze obrazy standardním způsobem otevírat). Při otevření obrazu se vždy na okamžik ukáže štítek se jménem toho, kdo obrázkem přispěl (pokud si to nepřeje, neukáže se nic).

Obraz samotný je identifikován jednak názvem souboru (který zpravidla obsahuje identifikátor daného vyšetření, např. bioptické číslo) a dále číselným kódem (který je v rámci systému unikátní). Při generování HTML verze atlasu jsou textové identifikátory nahrazeny příslušnými číselnými identifikátory, takže údaje o jednotlivých vyšetřeních se na Internet nedostanou.

Generování HTML kódu atlasu

Zdrojové texty atlasu jsou zpracovány sadou programů. Validitu XML kódu je možné kontrolovat oproti DTD definicím struktury atlasu (používáme xmloperator). Pro vlastní generování HTML souborů používáme sadu programů v jazyce Perl za využití některých modulů (XMLTwig a další). V průběhu generování se spojují dohromady různé zdrojové texty atlasu a provádějí se další kontroly správnosti a úplnosti i jednoznačnosti identifikátorů (obrazy, návěští atd.). Pro tisk se převádí XML formát do formátu sázecího systému PDFLaTeX. Vývoj atlasu probíhá pod operačním systémem Linux (distribuce Fedora).

CSS styly, JavaScript

Pro ovlivnění výsledného vzhledu atlasu se využívají CSS styly. Řídicí prvky uživatelského rozhraní (ovládání obrazů: lupa, fokusace, aktivace šipek atd.) je programována v jazyce JavaScript. Atlas je uzpůsoben pro oba hlavní prohlížeče (Mozilla/Firefox a Microsoft Internet Explorer), používá standardní metody ovládání prohlížeče a není závislý na žádných proprietárních rozšířeních prohlížečů. Funguje shodně v operačních systémech Linux i MS Windows. Vzhledem k tomu, že kompletní atlas je předem generovaný (statický), lze jej beze změny provozovat na serverech, lokálních sítích i jednotlivých počítačích po nakopírování na disk. Ze současných optických medií lze provozovat jen základní verzi atlasu (celý atlas přesahuje kapacitu DVD media).

Získávání obrazů o velkém rozlišení

Klinické snímky i snímky z pitevny jsou získávány jednak skanováním negativů i diapozitivů a dále nověji přímo digitálními fotoaparáty. Optika mikroskopu nabízí relativně nízké rozlišení. Proto histologické obrazy získáváme postupným snímáním po jednotlivých dílech, které jsou poté spojovány. Metodika (včetně programu pro kosmeticky dokonalé bezešvé spojování jednotlivých dílků obrazu) byla vypracována pro dermatopatologický atlas (a publikována). Postupným snímáním získáváme obrazy o straně přes 20000 obrazových bodů (experimentálně i více). Takové obrazy jsou upraveny v obrazovém editoru (Photoshop), archivovány a připraveny na vkládání do atlasu. Fokusovací obrazy jsou snímány automaticky ve více fokusovacích rovinách. Pro snímání obrazů se používá software Lucia (Laboratory Imaging) a mikroskop vybavený planapochromatickou optikou Leica DMLB a přesným skanovacím stolem Marzhauser.

Obrazy o vysokém rozlišení tak překonávají fyzikálně-optickou bariéru danou velikostí zorného pole, pracovní vzdáleností objektivu a jeho numerickou aperturou. Obraz se snímá typicky objektivem 40x a pracuje se s obrazem v původní velikosti a obrazem zmenšeným. Tak je k dispozici zároveň přehledný obraz i histologický detail.

Výsledky

Atlas je postupně budován, hotové kapitoly jsou na adrese www.muni.cz/atlases.

Ukázka uživatelského rozhraní je na obrázku 1. Přístup k obrazovému detailu (okénko lupy) je pro histologické snímky mimořádně důležitý. Podobně je významná i možnost procházet jednotlivé vyšetřovací roviny při vyšetřeních z CT nebo MRI (obrázek 2). Studenti rovněž ocení možnost aktivace šipek.

V současné době atlas obsahuje asi 1850 snímků a další budou přidávány. Celkem se jedná asi o 6 GB dat. Výsledkem vhodného návrhu vstupních dat a možnosti verifikovat strukturu atlasu je to, že se s rostoucím rozsahem nezvyšuje komplikovanost atlasu a přidávání dalších kapitol i obrazů je jednoduché. Definovanou strukturu atlasu lze poměrně jednoduše modifikovat.

Závěr

Postupně vznikající atlas s prvky prohlížečů rentgenových snímků a virtuálního mikroskopu, s anotací obrazů, s histologickými obrazy mimořádné kvality se stává vhodnou učební pomůckou. Pokud bude vývoj atlasu pokračovat a bude veřejně dostupný, po dokončení mu budou klasické učebnice patologie konkurovat jen stěží. Do budoucna plánujeme doplnění atlasu o další prvky (především kontrolní testy, ale také o kasuistiky) a doufáme, že postupně získáme pro spolupráci i klinická pracoviště a doplníme atlas o další obrazové materiály (například o snímky z endoskopů atd.).

Literatura

1. Feit J., Dvořák K., Habanec B., Testy pro výuku patologické anatomie, ČS patologie, vol. 33, pp. 65–68, 1997.
2. Feit J., Jedličková, H., Matyska L., Dvořák K., Habanec B, Multimediální atlas kožní patologie, ČS patologie, vol. 37, pp. 23–27, 2001.
3. Feit J., Kempf, W., Jedličková, H., Burg G., Hypertext atlas of dermatopathology with expert system for epithelial tumors of the skin, Journal of Cutaneous Pathology, vol. 32, pp. 433–437, 2005.
4. Feit J., Ulman V., Kempf, W., Jedličková, H., Burg G., Pořizování obrazů o velmi vysokém rozlišení metodou skládání, ČS patologie, vol. 40, pp. 78–82, 2004.  

Odkaz		Datum	Přístupnost [?]	Klinicky citlivé [?]	Licence
Hypertextový atlas patologie		17.4.2008	kdokoli	–

4-D hodnocení:

Skripta a návody	Edukační weby a atlasy	Digitální video	Prezentace a animace	Obrazový materiál – kasuistiky	E-learningové kurzy (LMS)	Nerecenzováno
Základní úroveň	Pokročilá úroveň	Specializační úroveň	Komplexní úroveň			Hodnocení Zvolte prosím dosaženou úroveň vzdělání a poté ohodnoťte výukový materiál především z hlediska vhodnosti materiálu pro samostudium. Student – student bakalářského nebo magisterského stupně Absolvent – absolvent bakalářského nebo magisterského stupně Ph.D. absolvent – postgraduální student, absolvent Ph.D. studia, odborný asistent, ... % Odeslat počet uživatelů, kteří již hodnotili: 11 12.7 % uživatelské hodnocení hodnotit

Předměty/kurzy

• Patologie I - cvičení [VSPA0521c]
• Patologická anatomie [VSPA052]
• Patologická anatomie I [VSPA0521]
• Patologická anatomie II [VSPA0622]
• Patologie [BKPA021p]

Související články:

• Hypertextový atlas dermatopatologie
• Virtuální mikroskop
• Hypertextový atlas fetální patologie
• Hypertextový atlas vzácných lymfomů
• Hypertextový atlas patologie kostní dřeně
• Hypertextový atlas novorozenecké patologie